UCSFDOCK6分子对接详细图文教程

UCSFDOCK6是一款学术免费的对接软件，其受欢迎程度仅次于AutoDock，可以和UCSFChimera视图软件联用，也可以与ZINC数据库进行联用。ZINC库是著名的小分子结构数据库，其中的分子已经针对DOCK进行参数化，非常适合对快速的虚拟筛选。程序有加利福利亚旧金山分校相关课题组研发，适用于Linux和MacOS系统，需要使用教育邮箱申请使用许可。下面介绍如何利用UCSFDOCK6进行分子对接。

本教程在Ubuntu下完成，所需软件有

Chimera,必须

UCSFDOCK6，必须

dms，可选

1准备受体文件

通过网络获取PDB编号为1FPU的Abl与imatinib的晶体复合物，File—FetchbyID—PDB—Fetch输入编号1fpu，点击Fetch获取结构文件选中B链，Select—Chain—B,然后Actions—Atom/Bonds—Delete删除B链，保留A链，并且保存为1fpu_A.pdbSelect—Residue—allnonStandard选中蛋白质以外的其他原子，然后按上述步骤删除不是蛋白质的其他杂原子接着Select—Chemistry–Element—H选中氢原子，并且删除，将删除H后的受体保存为rec_noH.pdb文件然后在Tools-StructureEditing—DockPrep中进行加氢加电荷处理处理完毕后保存为rec_charged.mol2文件在处理过程中一般勾选默认参数，蛋白质处理立场程序默认的是Amberff14SB然后Action—Surface—Show显示蛋白表面，并在Tools--StructureEditing中找到WriteDMS，将其表面保存为dms格式的文件，这里保存为rec.dms文件

2配体处理

关闭上述回话，重新打开1fpu_a.pdb文件，这次需要删除出去配体imatinib（PRC）以外的其他原子，保留配体进行加氢加电荷处理，首先选中PRC，然后Select—Invert(selectedmodel)反选除去imatinib的其他原子，并且删除，只保留配体然后在Tools—StructureEditing中利用addH进行加氢键然后在Tools—StructureEditing中利用addCharge加电荷处理，选择AM1-BCC电荷处理完毕保存为lig_charged.mol2文件，至此初始结构准备完成，包括4个文件，如下所示

rec_charged.mol2

rec_noH.pdb

rec.dms

lig_charged.mol2

3活性位点侦测

在受体表面生成侦测球体，其计算原理如下

操作方法为：在含有上述初始文件的目录下新建一个名为“INSPH”的参数文件

其内容为

rec.dmsRX0.04.01.4re.sph

然后如下命令生成表面球体侦测结果文件，

sphgen检查目录发现有re.sph和OUTSPH文件生成这里因为有imatinib作为参考分子，以其作为活性中心设置活性位点，命令如下

sphere_selectorre.sphlig_charged.mol28.0检查目录会发现有selected_spheres.sph文件生成，其为程序识别的活性位点中心可以用chimera检测活性位点，如下绿色圆点所示即为程序识别的活性位点范围

4设置对接盒子

设置盒子前，在工作目录下新建参数文件名为“box.in”的文件，包含如下内容：

Y8.0selected_spheres.sph1rec_box.pdb

其中第二行的8.0表示盒子中心到边缘的距离为8.0埃，可根据对接分子大小调整，然后输入如下命令：

showboxbox.in检查目录会有rec_box.pdb文件生成，用chimera打开，如下所示

5设置生长格点

格点生长打分函数是DOCK6的一种基于立场的能量打分函数，是在对接前必须要做的一步，期计算原理为：操作很简单，只需要输入如下命令即可：grid-igrid.in-ogrd.out上述命令前，同样需要先建一个名为“grid.in”的参数文件，包含如下内容

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