RASPA软件之input文件写法

1.simulation.input文件

包含模拟类型，模拟步数，结构名称，晶胞大小，分子类型以及MC类型等信息

2.structu-name.cif结构文件

RASPA支持cif类型的晶体结构文件，文件名称需要和simulation.input文件给定的结构名称相同。例如，若使用IRMOF-1.cif文件，则在simulation.input文件中指定FrameworknameIRMOF-1

3.pseudo-atoms.def赝原子定义文件

pseudo-atoms.def文件中列出了所有赝原子的电荷、质量等信息。通常情况下赝原子是一个原子，但有时候表示原子集团（比如甲基）或者在Tip5p水分子模型中表示氧原子孤对的虚拟点位。由于CIF文件中对于结构可以提供原子的相关信息，因此当使用CIF文件时可以不用在此文件中指定结构原子。在读取CIF文件时，会将读取到的原子加入到赝原子列表中。若在pseudo-atoms.def中重复定义，则此文件中的更具有优先权。

4.force_field_mxing_rules.def,force_field.def力场文件

该文件提供了pseudo-atoms.def文件中赝原子的力场信息，包括范德华势类型、参数、是否使用尾部修正、是否在截断距离处平滑至0以及混合规则类型。在文献中公开的力场类型通常以两种形式呈现：对每个原子来说的力场参数和混合规则；或者原子对的参数。前一种方式对应于force_field_mxing_rules.def，后一种方式对应于force_field.def。

两个文件可以同时使用，但force_field.def对force_field_mxing_rules.def可覆盖。

5.molecule-name.def分子定义文件

所模拟分子的定义文件，需要和在simulation.input文件中提供的分子名称一致。

6.zframework.def

定义柔性骨架的结构文件。

7.赝原子文件、力场文件、分子定义文件通常可以在RASPA的安装文件夹中找到，可以创建属于自己的文件夹自由组合力场、分子等文件。

使用两个例子了解输入文件的写法

A.甲烷二氧化碳在IRMOF-1中的双组份吸附

SimulationTypeMonteCarlo#蒙特卡洛模拟

NumberOfCycles#次模拟步数

NumberOfInitializationCycles#弛豫原子步数

PrintEvery#每次打印一次输出

ForcefieldDubbeldamFlexibleIRMOF-1

#使用IRMOF-1柔性MoFs专用力场

Framework0#第0个结构

FrameworkNameIRMOF-1#结构名称IRMOF-1

UnitCells#1x1x1晶胞大小

HeliumVoidFraction0.81#以氦气度量的孔隙率

ExternalTemperatu.0#温度K

ExternalPssu1e5#压力1x10^5Pa

Component0MoleculeNameCO2#第0个组分二氧化碳

MoleculeDefinitionTraPPE#使用TraPPE模型

MolFraction0.25#摩尔分数

TranslationProbability0.5#平移概率

RegrowProbability0.5#重生概率

IdentityChangeProbability1.0#改变身份概率

NumberOfIdentityChanges2#身份改变次数

IdentityChangesList01#身份互换组分列表

SwapProbability1.0#交换概率

CateNumberOfMolecules0#创建分子的个数

Component1MoleculeNamemethane

MoleculeDefinitionTraPPE

MolFraction0.75

TranslationProbability0.5

RegrowProbability0.5

IdentityChangeProbability1.0

NumberOfIdentityChanges2

IdentityChangesList01

SwapProbability1.0

CateNumberOfMolecules0

B.二氧化碳在5A分子筛中的扩散模拟

SimulationTypeMolecularDynamics#分子动力学模拟

NumberOfCycles2#运行总步数

NumberOfInitializationCycles#弛豫步数

NumberOfEquilibrationCycles0#平衡步数

PrintEvery#每步统计一次结果

RestartFileno#是否输出重启文件

EnsembleNVT#使用NVT系综

ForcefieldGarciaPez#使用GarciaPez力场

ModifyOxgensConnectedToAluminiumyes#将连接至铝原子的氧原子的原子类型更改为`Oa`

TimeStep0.#时间步长

Framework0

FrameworkNameLTA4A

RemoveAtomNumberCodeFromLabelyes#在读取cif文件时移除原子后的数字

UnitCells

ExternalTemperatu.0

ComputeMSDyes#计算均方位移，可用于计算扩散系数

PrintMSDEvery#每次统计一次MSD

转载请注明：http://www.sonphie.com/jbzl/14628.html